Trotz der Corona-Pandemie und den Folgen auf den Fußball lief die Saison 2019/2020 für den deutschen Rekordmeister ausgezeichnet. Das fulminante Ende war, nach dem Titel in der Bundesliga und dem deutschen DFB-Pokal der Gewinn der Champions League. Während der FC Bayern München mit dem Trainer der vergangenen Saison, Niko Kovac, in die Saison startete, wurde die Saison mit Hans-Dieter Flick beendet.
In der Bundesliga begann die Saison für den Spitzenverein aus Bayern nicht wie erwartet. Nach einer Niederlage im Supercup gegen Borussia Dortmund begann die Saison für den deutschen Rekordmeister mit einem Unentschieden gegen Hertha BSC, wo es nur zu einem 2:2 reichte und das obwohl alle Wett-Sites auf den bestenwettseiten.de die Gewinnchancen hatten.
In den folgenden fünf Spieltagen war nur RB Leipzig in der Lage, gegen Bayern zu punkten. Die darauffolgenden Wochen liefen unterdurchschnittlich. Auf eine Heimniederlage gegen die TSG 1899 Hoffenheim folgte ein Unentschieden beim FC Augsburg, bei dem es eher um den Kampf gegen den Abstieg ging. Wenige Tage nach einer deutlichen Niederlage am 02.11.2019 musste der Cheftrainer Niko Kovac gehen. Kovac hatte den Posten des Cheftrainers im Sommer 2018 angetreten und musste nach der deutlichen Niederlage gegen seinen ehemaligen Verein den Verein verlassen. Trotz einem Punktedurchschnitt von 2,26 Punkten pro Spiel waren die Verantwortlichen vor allem mit der Art des Fußballs am Ende nicht mehr einverstanden.
In der Folge übernahm der vorherige Co-Trainer, der ab dem Sommer 2019 beim FC Bayern München Kovac assistierte. In der Vergangenheit war Flick bereits Assistenztrainer von Joachim Löw bei der deutschen Nationalmannschaft und auch Geschäftsführer Sport bei der TSG 1899 Hoffenheim. Obwohl Flick nur für die nächsten zwei Spiele übernehmen sollte, waren die Bayern in der Folge sehr erfolgreich. Somit blieb Flick für den Rest der Saison Cheftrainer. Bis zu der Winterpause folgten zwei Niederlagen, sowie fünf weitere Siege, welche teils sehr deutlich ausfielen.
Nach der vierwöchigen Pause im Winter lief die Rückrunde tadellos. Teils hohe Ergebnisse folgten, wodurch am Ende der Rückrunde 16 Siege und ein Unentschieden zu Buche standen. Auch die Corona-Pandemie und den Folgen konnte dem Erfolg des Vereins keinen Abbruch tun. Bereits kurz vor Ende der Bundesliga-Saison stand der Gewinn fest.
Im DFB-Pokal kam es fast ausschließlich zu knappen Spielen. Nach knappen Siegen gegen unterklassige Teams folgten knappe Siege gegen andere Bundesligisten. Das Finale am 04.07. in Berlin konnte das Team von Hans-Dieter Flick vor leerem Publikum mit 4:2 für sich entscheiden.
Im Vergleich zum DFB-Pokal lief die Saison in der Champions League ausgezeichnet. Die Gruppe B mit den Gegnern Roter Stern, Tottenham Hotspur und Olympique Piräus konnte der deutsche Rekordmeister klar für sich entscheiden. Auch das Achtelfinale gegen den FC Chelsea gewann der FC Bayern München deutlich. Aufgrund der Corona-Pandemie wurden Viertelfinale, Halbfinale und Finale zentral in Lissabon ausgetragen. Nach einem deutlichen Erfolg mit 8:2 gegen den FC Barcelona gewann der FC Bayern München das Halbfinale gegen Olympique Lyon mit 3:0. Im Finale konnte Paris Saint Germain in einem engen, von Taktik geprägten Match, mit 1:0 bezwungen werden. Somit wurde das Triple in der Saison 2019/2020 erneut perfekt gemacht.